Hacia finales del siglo XIX el Presidente José Manuel Balmaceda instruyó la construcción de un sistema integral de fuertes en los dos principales puertos del país, Talcahuano y Valparaíso. Se proyectaron 9 fuertes en la bahía del Gran Concepción: Miller (Isla Quiriquina), Maruri (Isla Quiriquina), Montecristo (Boca Grande), Beaucheff (Caleta Tumbes), San Martín (Boca Grande), y en el interior de la bahía los fuertes Borgoño, Rodríguez, Rondizzoni y El Morro.
Tras la Segunda Guerra Mundial y producto de las modificaciones en la estrategia y táctica militar, los fuertes cayeron en desuso y fueron luego desmantelados, conservándose actualmente solo las estructuras.
Al momento del Golpe de Estado de 1973, la Armada quedó a cargo del Departamento de Tomé y Talcahuano, integrándose al Servicio de Inteligencia Regional (SIRE) y participando en el sistema de represión política configurado por la dictadura. Esta articulación quedó expresada en el informe Valech, cuando señala que "en Concepción el itinerario más frecuente fue desde los retenes a la 4º Comisaría, a los regimientos, a la Base Naval de Talcahuano, al fuerte Borgoña, a la Isla Quiriquina, al Estadio Regional y a la Cárcel Pública".
Si bien la Armada utilizó principalmente la Base Naval de Talcahuano para cometer torturas, también se usaron con estos fines los diversos fuertes de la región. Es así como las instalaciones del Fuerte El Morro fueron utilizadas entre 1973 y 1985 por el SIRE, la Armada, la DINA y la CNI. Según los testimonios recopilados fueron llevados al recinto cientos de detenidos de la ciudad de Concepción, y los alrededores. El Informe Valech individualiza este recinto como "Base Naval de Talcahuano/Base el Morro de Talcahuano".
Las instalaciones se componen de dos volúmenes. En el recinto principal, de un piso, se identifican las salas administrativas, un subterráneo utilizado como celda, el patio de formación y dos salas utilizadas para detener a hombres y mujeres. El otro volumen está bajo tierra, se ubica en la parte más elevada de la loma y tiene tres accesos. Fue utilizado para torturar a los prisioneros políticos, con inmersión o submarino y con la parrilla. El fuerte está en desuso, presentando problemas de conservación y daños en algunas estructuras.
