Al Consejo de Monumentos Nacionales le corresponde la tuición de una de las categorías con que Chile protege su patrimonio natural: Santuario de la Naturaleza. Los SN son sitios terrestres o marinos que ofrecen condiciones y posibilidades especiales, o únicas, para estudios e investigaciones geológicas, paleontológicas, zoológicas, botánicas o ecológicas, cuya conservación sea de interés para la ciencia o para el Estado.
En 2010 se promulgó la Ley N° 20.417 que creó el Ministerio del Medioambiente y se modificó el artículo 31 de la Ley de Monumentos Nacionales, creándose el Consejo de Ministros para la Sustentabilidad. A este último se le facultó para proponer al Presidente de la República la creación de nuevas áreas protegidas en cualquiera de sus categorías, incluida SN, administrada por el CMN. En ese escenario, a través de su Comisión de Patrimonio Natural, el CMN debe pronunciarse remitiendo un informe técnico sobre nuevas declaratorias que dentro de esta categoría haga el Ministerio del Medioambiente.
Por otra parte, al CMN le corresponde pronunciarse dentro del Sistema de Evaluación de Impacto Ambiental (SEIA), ante cualquier proyecto, programas o actividades que pretendan realizarse al interior de los SN, de esta forma el CMN es el Órgano del Estado que entrega el Permiso Ambiental Sectorial N° 78 (PAS 78), y que autoriza actividades como trabajos de construcción o excavación, pesca, caza, explotación rural o cualquiera otra actividad que de alguna forma afecte el estado natural de los SN.
Asimismo el CMN en forma sectorial es el encargado de recibir, estudiar, responder y/o resolver los distintos requerimientos de intervención que afecten los SN y que por sus características no ingresan al SEIA, además de aplicar medidas de protección o de evaluación en terreno dependiendo de cada caso. El CMN mantiene la información actualizada de cada bien patrimonial natural, por lo que está en contacto con los propietarios y administradores de cada SN.
